Hemaglutinina la H de H5N1 Es la más abundante de las proteínas de la superficie del virus y por ello una diana clave para el sistema inmunológico. De los 16 subtipos aviares solo H3 y H1 se encuentran actualmente en los virus que infectan a humanos (H2 estuvo). La inmunidad frente a un subtipo no defiende de la del otro. Se llama así porque hace que los glóbulos rojos se aglutinen entre ellos.

Es la proteína responsable de la entrada del virus en las células del epitelio mucoso respiratorio. También es la encargada de ejecutar de la fusión de las membranas viral y vesicular en el medio ácido de esta, produciendo el trasvase del contenido vírico al citoplasma.

El amplio abanico de huéspedes, la alta tasa de mutación y la facilidad de salto entre especies genera con facilidad nuevas cepas, que son el mayor obstáculo para el control de la enfermedad por vacunación. Por ello se estudian la creación de fármacos que actúen bloqueando alguna de las tres glicoproteínas presentes en su membrana. Ver video animación simulada en 3d del ensablaje del virus de la gripe H5N1.

Proteínas de la superficie del virus de la gripe, Hemaglutinina H en rojo, esta compuesta por tres subunidades idénticas por lo que es un homotrímero.