El receptor cannabinoide CB1 pertenece a la familia de los receptores de siete hélices transmembrana asociados a proteínas G, tipo rodopsina. Consta de 472 residuos. A este receptor se une la anandamida 'N-araquidoniletanolamida', el THC principal componente activo de la marihuana y otros agonistas. La estructura atómica del receptor proviene de aproximaciones matemáticas.

La anandamida interacciona con la Hélice transmembrana 6, desplaza la hélice a un lado, cambiando la conformación de la proteína. Ver video animación 3d simulada de la señalización neuronal retrograda mediada por el receptor cannabinode.

Modelo del Receptor cannabinoide CB1 calculado unido a anandamida.

Modelo del receptor cannabinode humano CB1. Partiendo de la base de la estructura del rodopsina 2z73a y calculando comparativamente con la secuencia de aminoácidos de ambos, se llega a una estructura tridimensional. El 3D lo podemos encontrar en modBase que es una base de datos de modelos de proteínas calculados por modelado compartivo.

Simulaciones por ordenador llevadas a cabo en el Pittsburgh Supercomputing Center apuntan que la anandamida puede unirse al receptor CB1 como de forma parecida a como se muestra en la figura. Parece ser que la anandamida se encuentra fundamentalmente en su forma extendida dentro del receptor. Interaccionando en su parte más baja con una valina V3.43 y una isoleucina I6.46 de la hélice transmembrana 6 TM6. K3.28

Secuencia de la proteína completa con los aminoácidos del modelo calculado en verde.

Patricia H. Reggio, Computational Methods in Drug Design: Modeling G Protein-Coupled Receptor Monomers, Dimers, and Oligomers. AAPS Journal. 2006; 8(2): E322-E336.